Kanbara Takuya kap egy fura üzenetet a telefonjára, ami úgy szól: "Egy játék, ami az életedet megváltoztatja. Elvállalod?". 
Takuya az igent választja, és megkapja az üzenetet, hogy hova kell mennie: Shibuyában egy liftbe kell jutnia. A liftben találkozik Minamoto Kouji-val, aki egy afféle vagány csendes gyerek. A lift nem áll meg a földszinten, hanem megy egyenesen a föld közepe felé. Mikor megérkeznek, észreveszik, hogy egy érdekes vonatállomsára jutottak. Több gyerek is van ott, de ők nem szállnak fel a vonatra. Takuyának van egy olyan érzése, hogy fel kell szállni, és épp időben el is kap egy vonatot, eközben Kouji is felszáll egy másikra. Takuya a vonaton találkozik Orimoto Izumi-val, egy olasz származású lánnyal, Himi Tomoki-val, a legfiatalabb gyerekkel, akit a többiek zártak be ebbe a vonatba, és Shibiyama Junpei-al, a legidősebb gyerekkel a csapatban. Mikor már egy jó ideje mennek a vonaton, észreveszik, hogy a telefonjuk átalakult egy D-scanner nevű szerkezetté. Egy teljesen hiányos világba érkeznek, és egy olyan információt kapnak, hogy találjanak egy spiritet, akkor talán haza juthatnak.
Kiderül, hogy a világban volt 3 uralkodó isten, akik közül egy a sötét oldalra tért át, és harcba keveredett a másik két istennel. Az egyiket foglyul ejtette, a másikat meg bezárta egy jégkoporsóba. Ez a gonosz isten, Cherubimon különböző szolgákat küldött különböző helyekre, hogy a világ adatait elvegyék.
Takuyáék itt találkoznak az egyik szolgával, Kerberomonnal. Takuya megpróbálja feltartani, míg a többiek el tudnának menekülni, de nem sikerül, és mikor a D-scannere kiesik a zsebéből, az egy utat mutat előre, és a hatalmas lángok között egy spirit jelenik meg. Takuya beesik a tűzbe, de észreveszi, hogy nem hat rá a tűz, ám ellenfelére igen. A spirit belemegy a D-scannerbe, és Takuya az ősi tűz harcosává alakul. A tűz harcosaként, Agnimonként legyőzi Kerberumont, és visszaalakul.
Takuyáék megtudják, hogy nekik is kell szerezniük spiriteket, hogy hazajuthassanak. Ezek után késöbb Kouji is csatlakozik hozzájuk.